Има сведения, че кухините са обитавани през неолита, бронзовата и желязната епоха. При разкопки са открити кремъчни оръдия на труда и фрагменти от керамика. Предполага се, че по времето на Второто българско царство (ХII-XIV в.) пещерите са приютявали монаси отшелници. В близост има останки от малка църква, която е носила името на Света Богородица. Мястото е наречено Хан-Крумови порти заради легендата, че от там хан Крум е наблюдавал района.
